Cố Hưng Tổ nguyên quán huyện Giang Đô, lộ Dương Châu, hành tỉnh Hà Nam (nay thuộc Dương Châu, Giang Tô, Trung Quốc). Ông nội là Cố Thành, cha là Cố Thống, đều làm tướng cho triều Minh.

Cố Hưng Tổ được kế thừa tước vị Trấn Viễn hầu từ ông nội Cố Thành. Thời Minh Nhân tông, Cố Hưng Tổ được chức Tổng binh trấn giữ vùng Quảng Tây, chịu trách nhiệm bình định và chiêu hàng các cuộc nổi dậy của bộ tộc người Miêu.